由於養殖廢水中的剩餘殘餌和養殖生物排泄物等大部分以懸浮態大顆粒形式存在，這也是造成水產養殖水汙染的主要原因。在處理過程中，應及時清掉，減少負荷，以免堵塞。常用的機械過濾設備有微濾機。在實際的處理工程中，微濾機是一種應用比較好的過濾方式。它是一種機械物理過濾方法，在循環水養殖水處理中具有良好的應用成效。它能去掉大量的水（纖維、顆粒、薄片等）中的浮遊生物和殘留的餌料、糞便和其他汙物。微濾是減低生物處理負荷、上升水處理效率的成效、經濟的方法。
       微濾係統要安裝在循環水養殖係統的水處理過程中。它去掉循環水中固體懸浮物對生物濾池硝化作用有很大的影響。雖然氨氮轉化菌生長需要一些有機物，但魚類排泄物和餌料殘渣使水產養殖水體中有機質含量較高。有機質過多會導致有機消化菌的繁殖，並與生物膜中的氨氮轉化菌競爭，從而產生空間、溶解氧和營養物質。有機消化細菌的繁殖速度快於氨氮轉化菌，在養殖係統生物濾池中氨氮去掉率較低。減少養殖廢水對環境的影響，節約水資源，具有很大的經濟效益。
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